Die Universitätsapotheke stellt für das gesamte Klinikum sowie für alle mitzuversorgenden Einrichtungen die Arzneimittelversorgung sicher. Pro Jahr werden mehr als 1,36 Millionen Arzneimittelpackungen an über 260 Stationen geliefert. Umgerechnet verlassen somit an Wochentagen etwa 5300 Arzneimittelpackungen die Universitätsapotheke. Die Wegstrecken, die die Medikamente dabei zurücklegen, liegen zwischen 200 m und bis zu 53 km (beim Transport in mitzuversorgende Einrichtungen). Dabei sind Wirtschaftlichkeit und Qualitätssicherung (wie z.B. Temperaturkontrolle) von größter Bedeutung.
Die Arzneimittelausgabe, als Teil der Pharmazeutischen Logistik, prüft und bearbeitet die Bestellanforderungen der Stationen. Die bestellten Produkte (Arzneimittel, Medizinprodukte, Desinfektionsmittel, Ernährungslösungen) werden kommissioniert, anschließend erfolgt die Auslieferung der Arzneimittel. Mit dazu gehören auch für die Therapiesicherheit wichtige Überwachungspflichten, wie die Chargendokumentation von Blutprodukten nach dem Transfusionsgesetz. Darüber hinaus werden Sonderanforderungen für spezielle und z. T. sehr teure Medikamente oder aus dem Ausland benötigte Importarzneimittel bearbeitet und nicht vorrätige Arzneimittel zeitnah besorgt. Bei immer häufiger auftretenden Lieferengpässen und -abrissen werden Alternativlösungen gesucht und Empfehlungen für Ausweich- und Ersatzpräparate gegeben. Vorrausschauende Firmenbestellungen ermöglichen so, dass ausreichend Arzneimittel für die Patientenversorgung am Klinikum und den mitzuversorgenden Einrichtungen, inkl. den Rettungsdiensten zur Verfügung stehen. Dabei deckt das Arzneimittellager mit über > 1000m2 Lagerfläche den Bedarf an Präparaten für 2 bis 4 Wochen ab.