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Arbeitsgruppe Aptamere

 

Group Leader

Avci-Adali_90x90  Prof. Dr. Meltem Avci-Adali

  Group Leader

  Tel. 07071 29-83334

  Fax 07071 29-3617

 

 

Cell specific aptamers

 

SELEX
Aptamers are short single-stranded RNA or DNA oligonucleotides (25-90 nucleotides). Their three-dimensional structure allows them to bind their target molecules with a high affinity and specificity. The enormous number of possible tertiary structures allows aptamers to recognize and bind small molecules, peptides, proteins or even complex structures, such as entire cells, bacteria or viruses.
(Link zu ) 
 

 

The dissociation constants (Kd) are in the low picomolar to nanomolar range, comparable and often even better than that of monoclonal antibodies.

 

The group is working on the generation of DNA aptamers against endothelial progenitor cells (EPCs) and other cell types to isolate, accumulate, and target these cells. To obtain highly specific and selective aptamers for cells, the combinatorial chemistry method SELEX (Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment) is used (see Figure). Enrichment of cell-specific aptamers occurs from a huge oligonucleotide library of up to 1015 molecules.

 

We have several years of experience in the following areas: 

  • Isolation, cultivation and characterization of human and porcine stem cells
  • Molecular biology techniques for performing the cell SELEX experiments, e.g. PCR, qRT-PCR, single-stranded DNA generation, gel electrophoresis, cloning, flow cytometry, and NGS
  • Evaluation of the generated aptamers
Selected publications

Stoll H, Steinle H, Wilhelm N, Hann L, Kunnakattu SJ, Narita M, Schlensak C, Wendel HP, Avci-Adali M. Rapid Complexation of Aptamers by Their Specific Antidotes. (2017) Molecules, 22(6).

 

Avci-Adali M. Chapter: “Selection and Application of Aptamers and Intramers” in Protein Targeting Compounds. (2016) Adv Exp Med Biol., 917:241-58. 

 

Stoll H, Kiessling H, Stelzle M, Wendel HP, Schütte J, Hagmeyer B*, Avci-Adali M*. Microfluidic chip system for the selection and enrichment of cell binding aptamers. (2015) Biomicrofluidics. 9(3), 034111.

 

Haller C, Sobolewska B, Schibilsky D, Avci-Adali M, Schlensak C, Wendel HP, Walker T. One-staged aptamer-based isolation and application of endothelial progenitor cells in a porcine myocardial infarction model. (2015) Nucleic Acid Ther. 25(1):20-6.

 

Avci-Adali M, Hann L, Michel T, Steinle H, Stoppelkamp S, Stang K, Miwako N, Schlensak C, Wendel HP. In vitro test system for evaluation of immune activation of new single-stranded DNA based therapeutics. (2015) Drug Test Anal. 7(4):300-8.

 

Avci-Adali M, Mludek K, Perle N, Stoll H, Schlensak C, Wendel HP. Importance of rigorous in vitro evaluation of prospective cell binding aptamers. (2014) Nucleic Acid Ther. 24(4):250-7.

  

Avci-Adali M, Steinle H, Michel T, Schlensak C, Wendel HP. Potential capacity of aptamers to trigger immune activation in human blood. (2013) PLoS One. ;8(7):e68810.

 

Avci-Adali M, Wilhelm N, Perle N, Stoll H, Schlensak C, Wendel H P. Absolute quantification of cell-bound DNA aptamers during SELEX. (2013) Nucleic Acid Ther. 23(2):125-30

 

Avci-Adali M, Metzger M, Perle N, Ziemer G, Wendel HP. Pitfalls of cell-systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX): existing dead cells during in vitro selection anticipate the enrichment of specific aptamers. (2010) Oligonucleotides 20, 317-323

 

Paul A, Avci-Adali M, Neumann B, Guo K, Straub A, Dietz K, Ziemer G, Wendel HP. Aptamers influence the hemostatic system by activating the intrinsic coagulation pathway in an in vitro chandler-loop model. (2010) Clin Appl Thromb Hemost 16, 161-169

 

Avci-Adali M, Paul A, Wilhelm N, Ziemer G, Wendel HP. Upgrading SELEX technology by using lambda exonuclease digestion for single-stranded DNA generation. (2009) Molecules 15, 1-11

 

Paul A*, Avci-Adali M*, Ziemer G, Wendel HP. Streptavidin-coated magnetic beads for DNA strand separation implicate a multitude of problems during cell-SELEX. (2009) Oligonucleotides 19, 243-254

 

* contributed equally






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Klinisches Forschungslabor der Thorax-, Herz- und Gefäßchirurgie
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72076 Tübingen
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Fax 07071 29-3617
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