NCCT (NGS Competence Center Tübingen)

The NCCT (NGS Competence Center Tübingen) was established in early 2018 with the help of DFG (German Research Foundation) funding. Together with three other national centers, we aim at strengthening the use of high-throughput sequencing methods in Germany. The center offers automated high-throughput services and a rich portfolio of sequencing solutions using the latest Illumina and Oxford Nanopore Technologies sequencers. The NCCT builds on established core facility structures and integrates with the existing infrastructure for data management and bioinformatics support.

  • Whole genome sequencing (WGS)
  • Whole genome bisulfite sequencing (WGBS)
  • Long-Read Sequencing (DNA/RNA)
  • Panel sequencing 
  • Exome sequencing RNA sequencing (Total and mRNA, small RNAs, miRNAs, low-quality, FFPE)
  • Targeted Transcriptome Sequencing / Targeted RNA Sequencing
  • RNA sequencing
  • Shotgun Metagenomics
  • Metatranscriptomics
  • Genotyping Applications
  • Single-cell genomics (scRNA-Seq, immune repertoire)
  • Amplicon sequencing (16S DNA etc.)
  • High-throughput DNA and RNA isolation
  • Illumina (NovaSeq6000, NextSeq500, MiSeq)  
  • Pacific Biosciences (Sequel II)
  • Oxford Nanopore Technologies (PromethION, MinION)
  • 10X Genomics
  • DNBSEQ-G400
  • In addition to providing bioinformatics for the above mentioned services, we also offer data analysis solutions for:
    • Genome Assembly (genome-assisted and de-novo)
    • Microarray data analysis
    • Proteomics/Metabolomics data analysis
    • FACS
    • CHIP-Seq
    • Crispr KO screens
    • Multi-omics analysis
  • Storage: ~650TB (netto and geo-redundant)
  • QBiC Cluster: 812 cores with 64GB-2TB RAM

Three institutes in Tübingen contribute to the achievement

...being integrated in a network of centers selected by the DFG

Further collaboration

We furthermore established a close long-term collaboration with the sequencing expertise of the MPI for Developmental Biology (Prof. Weigel).

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