Die besondere Struktur des Department für Augenheilkunde bietet die Grundlage für eine enge Verzahnung von patienten- und grundlagenwissenschaftlich orientierter Forschung mit der Zielsetzung einer translationalen Anwendung zum Nutzen der Patienten. Eine strukturell vergleichbare Einrichtung aus Klinik und Forschungsinstitut findet sich sonst nur auf europäischer Ebene (London und Paris).

Als universitäres Wissenschaftszentrum erforschen Klinik und Institut gemeinsam Augenerkrankungen und erarbeiten neue Therapieverfahren. Dabei sind sie eng in die Ausbildung von Studierenden der Medizin sowie Medizintechnik eingebunden und sichern die Fort- und Weiterbildung von Klinik- und und niedergelassenen Ärzten. Ferner unterstützt es die Arbeit der Graduiertenschulen in Tübingen.

Die Neu- und Weiterentwicklung diagnostischer und therapeutischer Konzepte für die Augenheilkunde auf höchstem internationalem Niveau zu betreiben ist das grundlegende Streben des Departments. Zentrale Schwerpunkte liegen dabei in der Erforschung der Ursachen und Therapien von degenerativen, entzündlichen, vaskulären und neoplastischen Erkrankungen des Auges und der Sehbahn.