Im Gegensatz zur Echokardiographie ist die Bildgebung bei der Kernspintomografie nicht durch Schallfenster eingeschränkt. Sie ist weitgehend unabhängig von den anatomischen Voraussetzungen und dem manuellen Geschick des Untersuchers. Eine Strahlenbelastung wie bei einer Herzkatheteruntersuchung entfällt und auch eine Punktion der Leistengefäße zum Einführen von Herzkathetern ist nicht notwendig. Während der Untersuchung ist allerdings ruhiges Liegen des Patienten erforderlich.
Die Untersuchungen erfolgen in enger Kooperation mit der Radiologischen Klinik des Universitätsklinikums. Die Klinik für Radiologische Diagnostik verfügt über MR-Tomographen neuester Bauart, die den verschiedenen Untersuchungsanforderungen bei der Diagnostik angeborener und erworbener Herzfehler vom Neugeborenenalter bis zum Erwachsenenalter gerecht werden.