Gastrointestinale Onkologie und Personalisierte Medizin

Gastrointestinale Onkologie und
Personalisierte Medizin

Die Forschergruppe Gastrointestinale Onkologie beschäftigt sich sowohl mit klinischen als auch Grundlagen-wissenschaftlichen Fragestellungen.

Arbeitsgruppenleitung

Louise Kaldjob
Stephan Spahn
Sabrina Voesch
Ronald Keller
Verena May
Christine Geisler
Leonie Ostermann
Fabian Kleinhenz
Ursula Koppenhöfer

Klinische Arbeitsgebiete

Klinische Arbeitsgebiete sind die das Molekulare Tumorboard (MTB) innerhalb des Zentrums für Personalisierte Medizin (ZPM), die Entwicklung und Durchführung klinischer Studienprotokolle.

  • Klinische Studien im Bereich Gastrointestinale Onkologie.
  • Mitbetreuung und Weiterentwicklung des Molekularen Tumorboard (MTB) der Universität (MTB) im Zentrum für Personalisierte Medizin (ZPM), inklusive der Bearbeitung wissenschaftlicher Fragestellungen in diesem Bereich.
  • Projektleitung der BMBF-geförderten e:Med-Studie für Patienten mit Leberkrebs (Hepatozelluläres Karzinom). In dieser Studie wird ein individuelles Profil des Tumors zu unterschiedlichen Zeitpunkten erstellt. Dabei wird durch eine möglichst genaue Charakterisierung der Tumorerkrankung mit Bildgebung („image fingerprint“) und durch Entschlüsselung der Erbsubstanz des Tumors („molecular fingerprint“) untersucht, ob neue Wege zur Therapiesteuerung gefunden werden können („Fingerprint characterization of advanced HCC to optimze treatment decisions and enable an early prediction of therapy resistance”, ClinicalTrials.gov NCT02372162).
  • Gemeinsam mit Partnern am Leibnitz Institut für Wissensmedien (IWM) in Tübingen wird ein interaktives technisches Modul zur Unterstützung klinischer Visiten erarbeitet, welches eine Hilfestellung für Ärzte in der zunehmenden Komplexität des klinischen Alltags bieten soll.


Grundlagen-wissenschaftliche Arbeiten

Grundlagen-wissenschaftliche Arbeiten beschäftigen sich mit den Themen Molekulare Therapie von Tumoren und Tumorepigenetik. Aktuelle Schwerpunkte sind:

  • Projektleiter im SFB/TRR 209 mit dem Thema „Therapiekombinationen mit epigenetischen Therapeutika bei Lebertumoren“.
  • Molekulare Signaturen und Therapiemöglichkeiten bei gastrointestinalen Tumoren.
  • „Bedside-to-bench Approach“ molekularer Veränderungen aus dem MTB Tübingen mit Suche nach Therapieoptionen bzw. Erklärung von außergewöhnlichen Therapieeffekte.
  • FGFR-Signalweg bei primären Lebertumoren.

Publikationen

Ausgewählte Publikationen


  • S3-Leitlinie Diagnostik und Therapie biliärer Karzinome.

    Bitzer M, Groß S, Albert J, Boda-Heggemann J, Brunner T, Caspari R, De Toni E, Dombrowski F, Evert M, Geier A, Gkika E, Götz M, Helmberger T, Hoffmann RT, Huppert P, Kautz A, Krug D, Fougère C, Lang H, Lenz P, Lüdde T, Mahnken A, Nadalin S, Nguyen HHP, Ockenga J, Oldhafer K, Paprottka P, Pereira P, Persigehl T, Plentz R, Pohl J, Recken H, Reimer P, Riemer J, Ritterbusch U, Roeb E, Rüssel J, Schellhaas B, Schirmacher P, Schlitt HJ, Schmid I, Schuler A, Seehofer D, Sinn M, Stengel A, Stoll C, Tannapfel A, Taubert A, Tholen R, Trojan J, van Thiel I, Vogel A, Vogl T, Wacker F, Waidmann O, Wedemeyer H, Wege H, Wildner D, Wörns MA, Galle P, Malek N.

    Z Gastroenterol. 2023 Apr; 61(4):420-440. doi: 10.1055/a-2026-1277.

  • Germline findings in patients with advanced malignancies screened with paired blood-tumour testing for personalised treatment approaches.

    Roggia C, Armeanu-Ebinger S, Gschwind A, Seibel-Kelemen O, Hertler S, Faust U, Liebmann A, Haack TB, Neumann M, Bonzheim I, Forschner A, Kopp HG, Herster F, Hartkopf A, Bitzer M, Malek NP, Brecht IB, Ruhm K, Möller Y, Löwenheim H, Ossowski S, Rieß OH, Schroeder C.

    Eur J Cancer. 2023 Jan;179:48-55. doi: 10.1016/j.ejca.2022.11.003.

  • The oncogenic fusion protein DNAJB1-PRKACA can be specifically targeted by peptide-based immunotherapy in fibrolamellar hepatocellular carcinoma.

    Bauer J, Köhler N, Maringer Y, Bucher P, Bilich T, Zwick M, Dicks S, Nelde A, Dubbelaar M, Scheid J, Wacker M, Heitmann JS, Schroeder S, Rieth J, Denk M, Richter M, Klein R, Bonzheim I, Luibrand J, Holzer U, Ebinger M, Brecht IB, Bitzer M, Boerries M, Feucht J, Salih HR, Rammensee HG, Hailfinger S, Walz JS.

    Nat Commun. 2022 Oct 27;13(1):6401. doi: 10.1038/s41467-022-33746-3.

  • Trailblazing precision medicine in Europe: A joint view by Genomic Medicine Sweden and the Centers for Personalized Medicine, ZPM, in Germany.

    Stenzinger A, Edsjö A, Ploeger C, Friedman M, Fröhling S, Wirta V, Seufferlein T, Botling J, Duyster J, Akhras M, Thimme R, Fioretos T, Bitzer M, Cavelier L, Schirmacher P, Malek N, Rosenquist R.

    Semin Cancer Biol. 2022 Sep; 84:242-254. doi: 10.1016/j.semcancer.2021.05.026.

  • Preexisting comorbidities shape the immune response associated with severe COVID-19.

    Kreutmair S, Kauffmann M, Unger S, Ingelfinger F, Núñez NG, Alberti C, De Feo D, Krishnarajah S, Friebel E, Ulutekin C, Babaei S, Gaborit B, Lutz M, Jurado NP, Malek NP, Göpel S, Rosenberger P, Häberle HA, Ayoub I, Al-Hajj S, Claassen M, Liblau R, Martin-Blondel G, Bitzer M, Roquilly A, Becher B.

    J Allergy Clin Immunol. 2022 Aug;150(2):312-324. doi: 10.1016/j.jaci.2022.05.019.

  • S3-Leitlinie: Diagnostik und Therapie des hepatozellulären Karzinoms und biliärer Karzinome – Version 2.0 – Juni 2021

    Voesch S, Bitzer M, Blödt S, Follmann M, Freudenberger P, Langer T, Lorenz P, Jansen PL, Steubesand N, Galle P, Malek N.

    AWMF-Registernummer: 032-053OL.Z

    Gastroenterol. 2022 Jan;60(1):e131-e185. doi: 10.1055/a-1589-7585.

  • Infigratinib (BGJ398) in previously treated patients with advanced or metastatic cholangiocarcinoma with FGFR2 fusions or rearrangements: mature results from a multicentre, open-label, single-arm, phase 2 study.

    Javle M, Roychowdhury S, Kelley RK, Sadeghi S, Macarulla T, Weiss KH, Waldschmidt DT, Goyal L, Borbath I, El-Khoueiry A, Borad MJ, Yong WP, Philip PA, Bitzer M, Tanasanvimon S, Li A, Pande A, Soifer HS, Shepherd SP, Moran S, Zhu AX, Bekaii-Saab TS, Abou-Alfa GK.

    Lancet Gastroenterol Hepatol. 2021 Oct;6(10):803-815. doi: 10.1016/S2468-1253(21)00196-5.

  • Targeting extracellular and juxtamembrane FGFR2 mutations in chemotherapy-refractory cholangiocarcinoma.

    Bitzer M, Spahn S, Babaei S, Horger M, Singer S, Schulze-Osthoff K, Missios P, Gatidis S, Nann D, Mattern S, Scheble V, Nikolaou K, Armeanu-Ebinger S, Schulze M, Schroeder C, Biskup S, Beha J, Claassen M, Ruhm K, Poso A, Malek NP.

    NPJ Precis Oncol. 2021 Sep 3;5(1):80. doi: 10.1038/s41698-021-00220-0.

  • Distinct immunological signatures discriminate severe COVID-19 from non-SARS-CoV-2-driven critical pneumonia.

    Kreutmair S, Unger S, Núñez NG, Ingelfinger F, Alberti C, De Feo D, Krishnarajah S, Kauffmann M, Friebel E, Babaei S, Gaborit B, Lutz M, Jurado NP, Malek NP, Goepel S, Rosenberger P, Häberle HA, Ayoub I, Al-Hajj S, Nilsson J, Claassen M, Liblau R*, Martin-Blondel G, Bitzer M*, Roquilly A, Becher B.*

    Immunity. 2021 Jul 13;54(7):1578-1593.e5. doi: 10.1016/j.immuni.2021.05.002.

    *shared senior authorship

  • Swarm Learning for decentralized and confidential clinical machine learning.

    Warnat-Herresthal S, Schultze H, Shastry KL, Manamohan S, Mukherjee S, Garg V, Sarveswara R, Händler K, Pickkers P, Aziz NA, Ktena S, Tran F, Bitzer M, Ossowski S, Casadei N, Herr C, Petersheim D, Behrends U, Kern F, Fehlmann T, Schommers P, Lehmann C, Augustin M, Rybniker J, Altmüller J, Mishra N, Bernardes JP, Krämer B, Bonaguro L, Schulte-Schrepping J, De Domenico E, Siever C, Kraut M, Desai M, Monnet B, Saridaki M, Siegel CM, Drews A, Nuesch-Germano M, Theis H, Heyckendorf J, Schreiber S, Kim-Hellmuth S, Nattermann J, Skowasch D, Kurth I, Keller A, Bals R, Nürnberg P, Rieß O, Rosenstiel P, Netea MG, Theis F, Mukherjee S, Backes M, Aschenbrenner AC, Ulas T, Breteler MMB, Giamarellos-Bourboulis EJ, Kox M, Becker M, Cheran S, Woodacre MS, Goh EL, Schultze JL.

    Nature. 2021 Jun;594(7862):265-270. doi: 10.1038/s41586-021-03583-3.

  • NASH limits anti-tumour surveillance in immunotherapy-treated HCC.

    Pfister D, Núñez NG, Pinyol R, Govaere O, Pinter M, Szydlowska M, Gupta R, Qiu M, Deczkowska A, Weiner A, Müller F, Sinha A, Friebel E, Engleitner T, Lenggenhager D, Moncsek A, Heide D, Stirm K, Kosla J, Kotsiliti E, Leone V, Dudek M, Yousuf S, Inverso D, Singh I, Teijeiro A, Castet F, Montironi C, Haber PK, Tiniakos D, Bedossa P, Cockell S, Younes R, Vacca M, Marra F, Schattenberg JM, Allison M, Bugianesi E, Ratziu V, Pressiani T, D'Alessio A, Personeni N, Rimassa L, Daly AK, Scheiner B, Pomej K, Kirstein MM, Vogel A, Peck-Radosavljevic M, Hucke F, Finkelmeier F, Waidmann O, Trojan J, Schulze K, Wege H, Koch S, Weinmann A, Bueter M, Rössler F, Siebenhüner A, De Dosso S, Mallm JP, Umansky V, Jugold M, Luedde T, Schietinger A, Schirmacher P, Emu B, Augustin HG, Billeter A, Müller-Stich B, Kikuchi H, Duda DG, Kütting F, Waldschmidt DT, Ebert MP, Rahbari N, Mei HE, Schulz AR, Ringelhan M, Malek N, Spahn S, Bitzer M, Ruiz de Galarreta M, Lujambio A, Dufour JF, Marron TU, Kaseb A, Kudo M, Huang YH, Djouder N, Wolter K, Zender L, Marche PN, Decaens T, Pinato DJ, Rad R, Mertens JC, Weber A, Unger K, Meissner F, Roth S, Jilkova ZM, Claassen M, Anstee QM, Amit I, Knolle P, Becher B, Llovet JM, Heikenwalder M.

    Nature. 2021 Apr;592(7854):450-456. doi: 10.1038/s41586-021-03362-0.

  • Clinical and Genetic Tumor Characteristics of Responding and Non-Responding Patients to PD-1 Inhibition in Hepatocellular Carcinoma.

    Spahn S, Roessler D, Pompilia R, Gabernet G, Gladstone BP, Horger M, Biskup S, Feldhahn M, Nahnsen S, Hilke FJ, Scheiner B, Dufour JF, De Toni EN, Pinter M, Malek NP, Bitzer M.

    Cancers (Basel). 2020 Dec 18;12(12). doi: 10.3390/cancers12123830

  • Next-Generation Sequencing of Advanced GI Tumors Reveals Individual Treatment Options.JCO Precis

    Bitzer M, Ostermann L, Horger M, Biskup S, Schulze M, Ruhm K, Hilke F, Öner Ö, Nikolaou K, Schroeder C, Riess O, Fend F, Zips D, Hinterleitner M, Zender L, Tabatabai G, Beha J, Malek NP.

    Oncol. 2020;4. doi: 10.1200/PO.19.00359.

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